Bei Anbruch des neuen Jahrtausends hofften viele Israelis auf ein historisches, israelisch-palästinensisches Friedensabkommen. Premierminister Ehud Barak führte im Juli 2000 eine Reihe von Gesprächen mit Jassir Arafat im amerikanischen Camp David. Initiator der Verhandlungen war US-Präsident Bill Clinton. Barak bot den Palästinensern den größten Teil der Altstadt Jerusalems und der umliegenden arabischen Gebiete an. Dies ging dem PLO-Chef jedoch nicht weit genug. Arafat forderte eine völlige Wiederherstellung der Grenzen von vor 1967 und die Teilung Jerusalems. Er weigerte sich, die jüdische Verbindung zum Tempelberg anzuerkennen und die Verhandlungen scheiterten. Bei seiner Rückkehr nach Gaza wurde Arafat wie ein Held empfangen. Er gab offen zu, keinen Frieden geschlossen zu haben, weil er die Kugel eines Attentäters fürchtete.
Arafats Fatah-Partei und die islamistische Terrororganisation Hamas organisierten einen bewaffneten Massenaufstand gegen Israel. Unter dem Deckmantel der Oslo-Vereinbarungen hatten sie ein ganzes Waffenarsenal angehäuft. Als Oppositionsführer Ariel Scharon Ende September 2000 den Tempelberg besuchte ließen sie die sogenannte Al-Aksa-Intifada ausbrechen. Angespornt von dem Aufruf „Verteidigt Al-Aksa!“ verübten dutzende Palästinenser Selbstmordanschläge und bewaffnete Überfälle in Linienbussen, Restaurants, Geschäftszentren und auf öffentlichen Plätzen. Innerhalb von fünf Jahren wurden mehr als 1.000 Israelis getötet. Die meisten von ihnen waren Zivilisten, darunter unverhältnismäßig viele Frauen, Kinder und alte Menschen. Unter den mehr als 5.000 getöteten Palästinensern waren 4.000 Terroristen.
Der Terroranschlag während einer traditionellen Sederfeier zum Passahfest im März 2002 erschütterte Israel besonders. Ein Selbstmordattentäter riss in einem Hotel in Netanja 29 Menschen mit in den Tod, darunter mehrere Holocaust-Überlebende. Ariel Scharon war im Februar 2001 mit großer Mehrheit zum Premierminister gewählt worden, um die Gewalt zu beenden. Der ehemalige General lancierte die vierwöchige Militärkampagne „Operation Defensive Shield“ (Verteidigungsschild). Israelische Sicherheitskräfte durchkämmten palästinensische Städte und Dörfer Straße für Straße und zerschlugen die palästinensische Terror-Infrastruktur. Mit dem Bau der Sicherheits-Sperranlage rund um das Westjordanland wurde das Eindringen von Selbstmordattentätern nach Israel erfolgreich gestoppt.
Zur Stärkung der Sicherheit und des diplomatischen Ansehens Israels ordnete Scharon im August 2005 den einseitigen Rückzug aller israelischen Soldaten und die Evakuierung von mehr als 8.000 jüdischen Bewohnern aus dem Gazastreifen an. Nun war es ausgerechnet Scharon, der einstige Hauptförderer der Siedlungsbewegung, der die jüdischen Bewohner Gazas entwurzelte. Kurz darauf erlitt er einen heftigen Schlaganfall und wurde von Ehud Olmert als Regierungschef abgelöst. Im Juni 2007 riss die islamistische Terrororganisation Hamas nach einem blutigen Kampf mit der Fatah die Macht im Gazastreifen an sich. Die Anzahl der Kassam-Raketenangriffe aus der palästinensischen Enklave auf israelische Städte und Dörfer vervierfachte sich daraufhin.
Im Jahr 2000 hatte sich Israel unter Premierminister Ehud Barak vollständig aus dem Libanon zurückgezogen. Seitdem rüstete die Terrororganisation Hisbollah im Libanon ihr Raketenarsenal massiv auf. Am 12. Juli 2006 überfiel die Terrormiliz eine israelische Grenzpatrouille. Acht israelische Soldaten wurden getötet und zwei entführt. Dem Überfall folgte ein Raketenkrieg. Die Hisbollah feuerte über 4.000 Raketen auf den Norden Israels ab. Premierminister Ehud Olmert reagierte mit einem 34 Tage andauernden Militäreinsatz. Fast zwei Millionen Israelis mussten einen guten Monat lang in der Sommerhitze zusammengedrängt in Schutzbunkern ausharren. Im zweiten Libanonkrieg starben auf israelischer Seite 44 Zivilisten und 119 Soldaten; 2.000 Menschen wurden verletzt. Im Jahr 2009 provozierte die im Gazastreifen regierende Terrororganisation Hamas ihren ersten Raketenkrieg gegen Israel.
Israel erwies sich trotz Terrorismus, Krieg und Weltwirtschaftskrise als widerstandsfähig. Die israelische Wirtschaft blühte wie nie zuvor. Der israelische Schekel wurde zu einer der härtesten Währungen auf dem Weltmarkt. Wachsende Exportraten, Hightech-Entwicklungen, Durchbrüche in der Medizin und steigende Auslandsinvestitionen führten zu einem enormen Aufschwung an der Börse von Tel Aviv. Israel war das erste westliche Land, dessen Wirtschaft sich von der globalen Finanzkrise, die im Oktober 2008 begonnen hatte, erholte.
